Die Hauptfigur des Spiels ist Jack Carver, ehemaliger Elite-Soldat der US Marines, der sich zur Ruhe gesetzt hat und sein Geld nun mit Bootsfahrten im Südpazifik verdient. Er soll die Journalistin Valerie Constantine zu einer nicht auf Karten verzeichneten Inselgruppe bringen, da Valerie dort angeblich Bilder von japanischen Ruinen aus dem Zweiten Weltkrieg machen will. Bei der Rückfahrt von der Insel wird Carvers Boot jedoch beschossen und versenkt. Unter Beschuss von unbekannten Söldnern wird er in eine Höhle gespült. Ab diesem Zeitpunkt übernimmt der Spieler die Kontrolle.